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mirko — 2011-12-13T00:30:20+01:00

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gooru.de - Transliteration Latin ↔ Russian, Georgian, Greek; Translit-Redirector
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http://8ziele.de - Webseite der Informationswoche zu den Millenniumszielen in Tübingen
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mirko — 2011-11-15T23:34:04+01:00

The content of this page has been moved to http://simnibs.de.

How to build GetFEM++ from SVN on Ubuntu Karmic for Matlab 2007b/2008a - [Precompiled binaries]

mirko — 2011-09-05T00:25:15+01:00

How to build GetFEM++ from SVN on Ubuntu Karmic for Matlab 2007b/2008a

That's what I did - might be incomplete etc.

# Determine MATLAB directory, mex must be in the PATH.
MATLAB_ROOT=`mex -v 2>&1 | grep "MATLAB " | awk '{print $4}' | sed -e '2,$d'`
# May be thats not all you need
sudo apt-get install build-essential gcc-4.2 automake subversion \
 libtool libblas-dev liblapack-dev libqhull-dev libmuparser-dev
# Get the sources
svn co http://svn.gna.org/svn/getfem/trunk/getfem
cd getfem/
./autogen.sh
./configure --enable-matlab --disable-python --enable-superlu --with-pic \
 --enable-qhull --enable-mumps=no --with-matlab-toolbox-dir=$MATLAB_ROOT/toolbox/getfem_toolbox
# compile the library, speeded up using -j4, where 4 is the number of CPUs in your machine
make -j4 
 
# we have to move the old libraries to a different folder to make matlab use the newer ones from ubuntu
sudo mkdir $MATLAB_ROOT/sys/os/glnxa64/old
sudo mv $MATLAB_ROOT/sys/os/glnxa64/{libstdc*,libgcc_s*} $MATLAB_ROOT/sys/os/glnxa64/old/.
 
make -j4 check
# If all checks passed do
cd interface/src/matlab
sudo make install
 
# Add the path to the matlab path definitions file
echo "p=[matlabroot,'/toolbox/getfem_toolbox:',p];" | sudo tee -a $MATLAB_ROOT/toolbox/local/pathdef.m
 
# If you see an empty output, the path should be added correctly
$MATLAB_ROOT/bin/matlab -nodisplay -r "rehash toolboxcache; gf_workspace('clear'); exit;"

How to build GetFEM++ from SVN on Ubuntu Lucid for Matlab 2010a

The following steps have to be executed before the steps in the instruction in the section above.

# Add old karmic package sources to install gcc-4.2, which is needed for mex
echo "deb http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ karmic universe" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
# install gcc-4.2
sudo apt-get update; sudo apt-get install gcc-4.2
# Determine MATLAB directory, mex must be in the PATH.
MATLAB_ROOT=`mex -v 2>&1 | grep "MATLAB " | awk '{print $4}' | sed -e '2,$d'`
# change gcc to gcc-4.2 and g++ to g++-4.2 in the mexopts file:
# note that for older matlab releases you need gcc-4.0 etc.
# make copy of the original file
sudo cp $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh.old
# replace version numbers
sudo sed -i "s/CC='gcc'/CC='gcc-4.2'/" $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh
sudo sed -i "s/CXX='g++'/CXX='g++-4.2'/" $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh

How to build GetFEM++ from SVN on Ubuntu Lucid for Matlab 2010b

The following steps have to be executed before the steps in the instruction in the section above.

This is still untested.

# install gcc-4.3
sudo apt-get install gcc-4.3
# Determine MATLAB directory, mex must be in the PATH.
MATLAB_ROOT=`mex -v 2>&1 | grep "MATLAB " | awk '{print $4}' | sed -e '2,$d'`
# change gcc to gcc-4.3 and g++ to g++-4.3 in the mexopts file:
# note that for older matlab releases you need gcc-4.0 etc.
# make copy of the original file
sudo cp $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh.old
# replace version numbers
sed -i "s/CC='gcc'/CC='gcc-4.3'/" $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh
sed -i "s/CXX='g++'/CXX='g++-4.3'/" $MATLAB_ROOT/bin/mexopts.sh

How to configure the parallelized version of GetFEM++ in Ubuntu

There is no parallel version of the matlab interface yet. The parallelization is still a work in progress in GetFEM++. The assembly procedures of the bricks are parallelized so that if the parallel version of MUMPS is used as the solver, one can build rather easily a parallelized code. This is all what it is done for the moment.

This is section I describe the steps to build the parallelized version of GetFEM++, which can be used in C++ code. This section is rather untested

# download, build and install libmetis
cd ~
wget -O- http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/fetch/sw/metis/metis-4.0.tar.gz | tar -xzvf -
cd metis-4.0
# we need a patch, to avoid a compile error (at least in Ubuntu Lucid), it does just some renaming
wget http://www.math-linux.com/IMG/patch/metis-4.0.patch
patch -p1 < metis-4.0.patch
# add this option
echo "COPTIONS = -fPIC" >> Makefile.in
make -j4
sudo cp libmetis.a /usr/lib64/.
# additionally to the dependencies mentioned in the sections above
sudo apt-get install libmumps-4.9.2 libmumps-dev mpich2
# append `--parallel-level=4` where 4 is the number of CPUs of your computer
cd ~/getfem/
./configure --disable-matlab --disable-python --enable-superlu --with-pic \
 --enable-qhull --enable-paralevel=4

Precompiled binaries

Instead of building by your own you can easily download and install the following precompiled version of GetFEM++:

GetFEM++ for MATLAB R2008a Ubuntu Lucid 64 bit (20.09.2010)
GetFEM++ for MATLAB R2010a Ubuntu Lucid 64 bit (25.07.2010) (Works with both MATLAB R2010a and R2011a on Ubuntu Natty 11.04 too )

Install using:

link=<paste the link from above here>
MATLAB_ROOT=`mex -v 2>&1 | grep "MATLAB " | awk '{print $4}' | sed -e '2,$d'`
cd $MATLAB_ROOT/toolbox
wget -O- $link | sudo tar -xzvf -

Comments

How to: VPN-Zugang mit Ubuntu Linux für die Universität Tübingen einrichten

mirko — 2011-07-06T00:23:25+01:00

How to: VPN-Zugang mit Ubuntu Linux für die Universität Tübingen einrichten

Anleitung funktioniert für Ubuntu Lucid, ältere Versionen funktionieren auch bzw. ähnlich; Anleitung wurde am 14.08.10 aktualisiert!

Das Cisco VPN Plugin für Network-Manager installieren

Seit Jaunty musste ich auch noch den Network-Manager neustarten, da sonst beim herstellen der VPN-Verbindung immer ”… keine gültigen VPN-Geheimnisse … ” vorlagen.

sudo apt-get install network-manager-vpnc
sudo restart network-manager

(Details gibt's hier zum Network-Manager und zu vpnc)

VPN Profil anlegen

Im Informationsbereich auf das Netzwerksymbol klicken → VPN-Verbindungen → VPN konfigurieren → hinzufügen → erzeugen …

Dann das Formular wie in diesem Screenshot gezeigt ausfüllen:

Verbindungsname:

BELWUE

Gateway:

vpn-i.uni-tuebingen.de.

Gruppenname für Studenten / Mitarbeiter / Extern:

belwue / Mitarbeiter / extern

Benutzerpasswort:

Dein ZDV Passwort

Gruppenpasswort für Studenten / Mitarbeiter / Extern:

WLANdle / ZDVTUE / xtern03

Benutzername:

Dein ZDV Benutzername

Auf “Anwenden” klicken.

Verbindung herstellen

Dann wieder auf das Netzwerksymbol im Informationsbereich klicken → VPN-Verbindungen → BELWUE anklicken.

Verbindung überprüfen

Wenn du jetzt ein Schlosssymbol am Netzwerksymbol siehst, sollte alles funktioniert haben.

Wenn du das ganze von zuhause aus gemacht hast, kannst du anhand deiner Universitäts-IP-Adresse erkennen, dass es geklappt hat. Dazu einfach auf http://whatismyip.org überprüfen, ob die IP-Adresse mit 134.2. beginnt.

Kommentare

Ältere Kommentare

On Sun, 07 Nov 2010 21:07:09 +0100 Lydia wrote:

Ich bin begeistert, vielen Dank! Nach einem gescheiterten Versuch mit der blöden Cisco-Software hatte ich schon befürchtet, auf Uni-Netz verzichten zu müssen, wenn ich aus dem Wohnheim ausziehe, aber jetzt funktioniert alles tadellos.

On Tue, 28 Sep 2010 12:36:41 +0200 Julia wrote:

Wahnsinn, eine sehr anschauliche Anleitung, die sogar mich schnell und sicher zum Ziel gebracht hat.



Vielen Dank!!!

On Sat, 04 Sep 2010 03:51:17 +0200 Gast wrote:

Super Anleitung funktioniert auch bei lucid jedoch mit der Einstellung NAT-T

Tue, 3 Aug 2010 14:34:00 +0200 Gast wrote:

Vielen Dank
Ich habs ja erst kaum glauben können, als ich in der ubuntuusers-wiki einen link auf eine anleitung für die uni tübingen gefunden hab.
hat alles problemlos funktioniert, vielen dank :)

Thu, 25, Mar 2010 20:32:00 +0200 Gast wrote:

VPN-Verbindung konnte nicht hergestellt werden
Habe die Einstellungen unter Ubuntu 9.10 genau so vorgenommen, komme jedoch trotzdem nicht rein. 
Wo könnte denn noch eine Fehlerquelle liegen?

Sun, 10 Jan 2010 00:18:00 +0200 Mirko Windhoff wrote:

Kann man selbst entschlüsseln
Steht in der Profil Datei, die man vom ZDV nach Login erhält:
https://u-003-stifs03.uni-tuebingen.de/netsoft/VPN/PCF/Extern.pcf

...
GroupName=extern
enc_GroupPwd=744C231617D40084F6A1462510779AFC7EA9690C9F1B77E4AFD9C3EFC2217220F3C4F182DFBA581594E4A8A1E4946C75
...

hier eingeben:
http://www.unix-ag.uni-kl.de/~massar/bin/cisco-decode
ergibt: xtern03

Tue 22, Dec 2009 17:14:00 +0200 Gast wrote:

Wie sieht es denn mit dem externen Zugang aus? Dort ist der Gruppenname extern aber was wird als Gruppenpasswort genommen?

Mon, 14 Dec 2009 18:37:00 +0200 Gast wrote:

Problem mit Ubuntu 9.10
Hallo Zusammen,
Danke erstmal für die tolle Anleitung. Allerdings funktioniert VPN bei mir "nicht ganz"...

Nach Installation und Konfiguration klicke ich auf "BELWUE" und das Schloss erscheint. Die Verbindung steht quasi. 
Das Problem ist nur, dass ich weder mit dem IP-Nr-Test erfolg habe (beginnt mit 188.), noch Juris starten kann.

Wo kann ich denn einen Fehler gemacht haben?

Tue, 24 Nov 2009 10:55:00 +0200 Gast wrote:

funktioniert!!
Die Anleitung ist wirklich gut und notwendig,
hat mir viel weitergeholfen und sofort funktioniert (9.04 => Cisco, danke auch für diesen Hinweis)
vielen Dank

Mon, 26 Oct 2009 11:44:00 +0200 Gast wrote:

Andere Konfiguration
Hallo!
Danke für die Anleitung. Funktioniert super, bis auf eine Kleinigkeit: 
Ich musste statt NAT-T CISCO-UDP einstellen damit es funktioniert.
Gruß,
Alex

Fri, 28 Aug 2009 01:21:00 +0200 Gast wrote:

Jaunty braucht Neustart des NetworkManagers
Beim Einrichten der VPN-Verbindung unter Ubuntu 9.04 Jaunty kann es vorkommen, dass die VPN-Verbindung meckert. 
VPN-Geheimnisse würden nicht stimmen, usw. Dies geschieht nach einer frischen Installation von network-manager-vpnc. 
Hier hilft ein Neustart des NetworkManagers. Wer sich nicht ins Terminal begeben will, startet einfach seinen Rechner neu.

Mit einer Zeile copy-and-paste geht es ohne Neustart:

sudo /etc/init.d/NetworkManager restart

Das war's.

Thu, 18 Jun 2009 18:22:00 +0200 Gast wrote:

Funktioniert! Super.
Vielen Dank fuer die Anleitung! Ubuntu rocks!
Grouppassword fuer Uni-Mitarbeiter ist ZDVTUE

Fri, 21 Nov 2008 01:12:00 +0200 Gast wrote:

Funktioniert auch unter Hardy Heron

Funktioniert auf Anhieb und ohne Probleme, in 2min konfiguriert!
Vielen Dank.

Tue, 2 Sep 2009 19:46:00 +0200 Gast wrote:

EEEbuntu+vpnc

Hi, find die Anleitung einfach spitze und hoffe mein kleiner eeepc wählt sich ein. 
Hab EEEbuntu drauf und würde des ungern für Xandros runterschmeißen müssen wegen vpnc. 
Aber ich denk mit diesem Howto müsste es klappen. Vielen Dank !

How to install MeshFix on Ubuntu Lucid 64 bit

mirko — 2011-03-10T15:17:25+01:00

How to install MeshFix on Ubuntu Lucid 64 bit

sudo apt-get install libsuperlu3-dev
cd /usr/local/bin/
wget -O- http://meshfix.googlecode.com/files/meshfix.r59.x86_64.linux.tar.gz | sudo tar -xzvf -

Uninstall

sudo rm /usr/local/bin/meshfix

Commissioned Web Development

mirko — 2011-02-16T01:01:36+01:00

Commissioned Web Development

Besides hosting, maintenance and creation of several smaller websites I realized the following two applications for a customer:

Controlling Tool

Web application for task management for enterprises.

Strategic goals, critical success factors, value drivers, actions to be taken
Automatic graphical and hierarchical visualization
Management of status and current state, coasts, estimate, etc.
User rights system

Feedback questionnaires system

Web application for questionnaires for enterprises.

Creation of questionnaires (e.g. for employee assessment)
Mailing of questionnaire links
Response tracking
Visualization and statistics

Here are some screenshots of both applications.